CRISPR – CAS（聚集，定期间隔短的短质体重复序列，再加上CRISPR相关蛋白）是一种细菌免疫系统，可防止入侵噬菌体或质粒。在CRISPR适应过程中，简短的DNA（“垫片”）是从外国元素中获取的，并将其集成到CRISPR阵列中。到目前为止，在避免自染色体的同时，如何优先从外国DNA获得垫片，这仍然是一个谜。在这里，我们表明，间隔者采集取决于复制，并且在停滞的复制叉上形成的DNA断裂会促进间隔者的获取。隔离剂的染色体热点被CHI位点限制在序列位点，这些位点高度富集在细菌染色体上，这表明这些位点限制了从自DNA中获得的间隔者的获取。我们进一步表明，避免自我是由RECBCD双链DNA断裂修复复合物介导的。我们的结果表明，在大肠杆菌中，获得新的间隔者的获取在很大程度上取决于RECBCD介导的主要发生在复制叉上时发生的双链DNA断裂的处理，并且对外国DNA的偏好是通过与更高的chi self chi chi位点相结合的较高的chi位点来实现的。该模型解释了从高拷贝质粒和噬菌体中获取垫片的强烈偏爱。
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