自1970年代后期以来，已经确定了至少30次埃博拉病毒疾病（EVD）的暴发，其中最严重的是2013年12月至20161年6月的几内亚，塞拉利昂和利比里亚。几内亚在2021年经历了新的EVD爆发，该爆发始于Gouéké，这是一个距离2013 - 2016年爆发的震中约200公里的小镇。可能的指数案是一名51岁的护士，是Gouéké医院助产士的助手。2021年1月21日，她因头痛，疾病，恶心，厌食症，眩晕和腹痛而入院。她被诊断出患有疟疾和沙门氏菌病，两天后被释放。她再次在家感到不适，她参加了在Nzérékoré（40公里）的一家私人诊所，并拜访了传统的治疗师，但三天后去世。她去世后的一周，她的丈夫 - 以及其他参加葬礼的家庭成员生病，其中四人死了。2月11日，全国流行病警报系统据报道，它们是第一个可疑案件。2月12日，从两个可疑病例送往Nzérékoré医院的血液。2月13日，两名患者在Guéckédou的实验室证实了这两名患者，该实验室使用了逆转录（QRT-PCR）测定法（RealStar Filovirus Screen套件，Altona诊断）的商业实时聚合酶链反应（QRT-PCR）。2月13日，该索引案的丈夫（从Gouéké到达首府几内亚的Conakry）进行了治疗，该案件被纳入Nongo的De TraitementEpidémiologique（ctepi）接受了治疗。他表现出发烧，恶心，无症，腹痛和腰痛，并强烈怀疑已经发烧了。根据GenExpert分子诊断平台（XPERT EBOLA测试，CepheID），在同一天分析了一个血液样本，并发现埃博拉Zaire（Zaire Ebolavirus; Ebov）为阳性。 并通过内部QRT – PCR分析。实验室在三个可疑案件中对EVD的确认导致2月14日的流行病正式宣布。到3月5日，已经确定了14例确认的案件和4例可能的EVD病例，导致9例死亡，包括5例确认的案件，如几内亚的Agence Nationale delaSécuritéSanitaire（ANSS）所报告。在没有新病例的25天内，据报道，在4月1日至3日Nzérékoré附近报告了两个新病例，并于2021年6月19日宣布爆发已结束。总共有16例确认案件，其中12人死亡。

　　导致2021年EVD流行的几内亚病毒的基因组表征对公共卫生至关重要。首先，因为在最近的EVD爆发中具有证实有效性的诊断工具，治疗和疫苗，例如在几内亚（2013- 2016年）以及刚果民主共和国民主共和国（DRC）（DRC）（DRC）（2018-2020）的Equateur和North-kivu/Ituri省（2018-2020） - 主要是为EBOV 3. HAVE开发的。其次，要确定爆发是由新的人畜共患透射事件引起的还是在以前的EBOV爆发中循环的病毒菌株的复兴：众所周知，EBOV可以持续存在EVD的患者的身体流动性，并且可以保持EVD的生存，并且可以处于新透射链6,7,7,7,7,7的起源。尽管开发了仅检测EBOV菌株的XPERT埃博拉病毒测试，并且内部QRT-PCR测定法使用了专门设计用于检测EBOV9的探针，但通过靶向在Conakry中住院的患者的样品中病毒蛋白35区域中的短片段来靶向序列分析的其他确认。系统发育树（补充图1）强调了这个高度保守的区域可以区分埃博拉病毒物种，分析证实，引起新爆发的病毒是Zaire Ebolavirus物种。这证实可立即使用可用的疫苗和绝大多数分子诊断工具和治疗剂。

　　为了进一步了解引起这种暴发的病毒的基因组成构成，11个完整或接近完整的（大于95％的恢复）和8个确认病例中12例的部分（大于65％的回收率）基因组序列是通过3种不同实验室使用不同的下一代测序技术获得的（表1）。为了促进公共卫生的响应和现有医学对策的评估，3月12日通过联合发布公开获得测序结果（https://virological.org/c/ebolavirus/guinea-2021/44）。Blood and swab samples from 14 patients with confirmed EVD, sampled from 12 February to 4 March, were processed by the following methods: hybridization capture technology and sequencing on Illumina iSeq100, an amplicon-based protocol with EBOV-specific primer pools and sequencing on MinION (Oxford Nanopore Technologies (ONT)), and a hybrid-capture-based approach using a probe panel that included如前所述5，EBOV特异性靶标和Truseq外显子体富集。5。汇总了这三组之间产生的数据，并为每个患者选择具有最高质量的序列。这使我们能够重建12个高质量的EBOV基因组，覆盖了参考基因组的82.9-99.9％（KR534588）（表1）。进一步分析使用了12名不同患者的基因组回收率最高的EBOV序列（大于82.9％）。

　　最大似然系统发育重建使几内亚EVD爆发的12个基因组成为EBOV病毒中的一个群集，该病毒导致了西非2013 - 2016年爆发（图1、2）。2021年爆发的基因组具有10种替代（与KJ660346相比），这些取代在2013 - 2016年爆发期间积累了，包括在病毒扩散到Sierra Leone11,12中的A82V标记突变，用于糖蛋白中人类适应性的A82V标记突变。这些模式提供了与2013 - 2016年爆发中人类病例直接联系的有力证据，而不是动物储层的新溢出。2021年谱系嵌套在一个主要由2014年从几内亚采样的基因组组成的进化枝中（图2）。2021年群集与上一次爆发的分支仅表现出12个取代，这远远远远远远远远少于EBOV在持续的人类到人类传播的6年中的发展（图3）。使用局部分子锁定分析，我们估计该分支沿该分支的6.4倍（95％最高后密度（HPD）间隔：3.3倍，10.1倍）。为了进行比较，我们还估计，该分支机构沿该分支机构降低了5.5倍（1.6倍，10.8倍），这与2016年病例相关，这些病例与在该疾病中幸存的患者有关，该病毒持续了500天以上7,13。而不是持续的长期低进化率，而是持续感染期间的一定程度的潜伏期或休眠似乎是对2021年流行病的基因组低差异的更可能解释。我们测试了2021年流行病的12个基因组是否在少于一个月的时间段内进行了采样，其中包含足够的时间信号，以估算最新的共同祖先（TMRCA）的时间（补充图2）；然而， 我们没有在这个短时间内确定统计支持，以实现足够的分歧积累。因此，我们使用反映持续人类对人类传播的EBOV进化的进化速率对分析进行了校准（如局部分子锁定分析所估计）。这导致了2021年1月22日的TMRCA估算值（HPD间隔95％：2020年12月29日，2021年2月10日）。

　　这些结果对相对罕见的EBOV重新出现的观察开始了新的观点。假定人类中的所有已知filevirus爆发都是来自蝙蝠储水物种或中间或放大宿主（例如猿和杜克尔）的独立人畜共患透射事件的结果。6。在这里，我们清楚地表明，即使在宣布流行病结束后将近五年，新的爆发也可能是在先前流行病中被感染的人类传播的结果。2021年爆发中的病毒属于2014 - 2016年爆发期间从人类获得的EBOV病毒谱系中；因此，这种新爆发的不可能具有动物来源，或者是新的跨物种变速器的结果，其谱系与这种天然宿主中的谱系相同，在这种情况下，这将是西非集群的基础。2014 - 2015年至2021年之间的基因组差异有限，与长期进化速率缓慢兼容。但是，相对较长的延迟阶段可能比连续缓慢复制更有可能。与机械解释无关，该病毒很可能在先前感染中幸存下来的人类中持续了低水平。EBOV传播到指数案例的合理情况包括：通过男性幸存者的精液接触EBOV的性传播；与有症状的EVD复发的幸存者的体液接触（例如，在医疗保健期间 - 指数案例是医疗保健工作者）；或在指数案例中EVD复发 - 尽管她以前没有被感染，但她本来可以在上一次爆发期间患有无症状或症状 - 症状的EBOV感染。人类学家对索引案的家庭的详细调查表明，她以前尚未曾经有过EVD，也不是丈夫或近亲。但是，在更遥远的家庭中， 在上次爆发期间，有25个人已发行。尽管索引案显然与家庭的这一部分没有接触，但只有五个幸存。对Gouécké医院登记册的咨询表明，所有指数病例在2021年1月看到的患者都身体健康，并且在2021年3月仍然身体健康。但是，该指数案也在医院环境外进行了非正式咨询，无法验证。另一种情况是，护士不是实际的索引案例，而是几内亚该地区的小型，无法识别的人类到人类传播链的一部分。但是，当前可用的基因组的多样性受到限制，分子锁定分析表明最近有TMRCA，平均估计值接近了护士首次住院的时间，并且在今年年初左右在HPD边界上有95％的HPD边界。这使人们放心，爆发早期发现。

　　2013 - 2016年在西非的爆发是EBOV最近最大，最复杂的爆发，涉及28,000多人案件，11,000例死亡和估计有17,000名幸存者，主要是几内亚，利比里亚和塞拉利昂2。这次爆发提供了有关该疾病本身的新信息，以及有关在该疾病中幸存的患者的医学，社会和心理影响14,15,16。在某种程度上，也可以估计无症状或症状症状感染的比例，并确定其在特定异常传播链中的作用17,18,19。尽管人类到人类传播EBOV的主要途径是与有症状或已故患者感染的身体流体直接接触，但这种爆发中的某些传播链与Semen3中的病毒持久性有关。几项研究表明，从埃博拉病毒治疗单位（ETU）出院后6个月，超过50％的男性幸存者的病毒持久性，据报道，精液中的最大持久性在ETU出院后的500-700天高达500-700天，少数男性EVD幸存者9,20,20,21,21,222。还怀疑通过其他体液（例如母乳和宫颈阴道液）传播8,23,24,25。此外，幸存者的一些免疫学研究表明，由于EBOV储层在某些幸存者中的持续存在，导致连续或间歇性的EBOV抗原刺激26,27，尽管在另一项研究中并未证实这一点。正如DRC29的North-Kivu爆发最近报道的那样，EVD复发的病例也已散发地报告，可能是大型传输链的起源。例如，在ETU出院后500天，在一名未怀孕时出现EVD时未怀孕的女性EBOV RNA的存在。由于怀孕8个月的并发症，她在医院上了 以及在分娩后1个月服用的母乳样品，对EBOV RNA9进行了阳性。这些例子表明，当医疗保健工作者照顾EBOV时，可以暴露于EBOV，但幸存者幸存但无法识别其感染的复发。2021年的爆发现在强调，病毒持久性和重新激活不限于两年，但也可能发生在更长的时间尺度上，并延迟重新激活。

　　主动基因组监测已经表明，在其他疾病的其他爆发中，先前菌株的复兴。例如，在最近的2020年爆发期间，在drc30的埃克斯省爆发期间，两个EBOV变体在同一地区同时散发。此外，2007年和2008年在Luebo，DRC连续两次爆发中的菌株也非常密切，以至于现在似乎很难排除，以至于2008年观察到的流行病是由于患者的复活事件是由于在2007年爆发中幸存下来的EVD的患者。但是，有限的基因组采样不允许对该假设进行正式检验。

　　尽管大多数EVD暴发在案件数量和地理差异中仍然有限，但西非的两次最大疫情（2013年12月至2016年6月）和东部刚果民主共和国东部（2018年8月至6月2020日）感染了数千个人，导致了广泛的地理区域，导致EVD幸存者数量大量。这意味着复苏的风险比以往任何时候都高。因此，有必要对EVD幸存者进行持续监视，以监测EVD感染的重新激活和复发以及病毒在体液中的潜在存在。这项工作和相关的交流必须在EVD幸存者的福祉方面进行最大的谨慎。在2013 - 2016年在几内亚爆发中，EVD幸存的患者在Etus出院后经历了不同的经历。一方面，非政府组织将他们视为英雄，并成为可能的复苏33,34的活生证词。另一方面，他们经历了不同形式的污名化，例如被家人和朋友拒绝，拒绝参与集体工作，失业和住房，有时甚至是从社交生活和工作场所中进行自我隔离35。2021年EVD爆发的人类起源以及我们对Ebov出现的感知的相关转变，呼吁仔细关注该疾病的幸存者。人们担心幸存者将被污名化为危险的根源，应该是谨慎的关注36。对于距离Womey仅9公里的Gouécké地区，这是尤其如此，该村庄象征着在2013 - 2016年流行病期间人口对EVD响应小组的暴力反应的村庄。

　　自2013 - 2016年EVD爆发以来，基因组测序已成为对暴发10,38,39,40,41反应的主要组成部分。在几内亚的2021年爆发中，建立了国内测序和产能的建设，使EBOV菌株及时地表征了EBOV菌株。除了关注幸存者的适当医疗保健措施的重要性外，该病毒的晚期复兴还强调了迫切需要进一步研究有效的抗病毒药，这些抗病毒药可以消除EVD患者的潜在病毒储层，并进入有效提供长期保护的有效疫苗。同时，还可以认为疫苗接种可以增强疾病幸存者中的保护性抗体反应27。也可以促进以前EBOV爆发地区的人口接种疫苗，以防止次要病例。