意大利威尼托地区帕多瓦省VO'市位于威尼斯以西约50公里处（图1A）。根据最新的土地注册中心，VO’的人口为3275个，面积为20.4 km2。在2020年2月21日的死者VO'居民中发现SARS-COV-2后，同一天，在意大利发现了第一个本地获得的COVID-19 COVID-19，在VO’中发现了第一个Covid-19病例，我们进行了一项流行病学研究，以研究SARS-COV-2感染的流行病学研究。对大多数VO的人口进行了抽样，这是两个时间点：第一个案件后的第一个（2020年2月21日至21日），第二个病例（2020年2月21日）在2周结束时（2020年3月7日）（图1C）。对于每个居民，我们收集了有关采样日期的信息，SARS-COV-2测试，人口统计学（例如，年龄和性别），居住，健康记录（包括症状和COVID-19与COVID-19的住院日期，以前的病情和其他疾病的治疗），家庭大小和接触网络。使用Microsoft Excel对数据进行了整理，并且数据集电子表格可以在https://github.com/ncov-ic/seir_covid_vo上获得。没有使用统计方法来预先确定样本量。实验不是随机的，研究人员在实验和结果评估过程中并未对分配视而不见。

　　症状的定义如下：需要住院和/或报告发烧的参与者（是/否或温度高于37°C的温度）和/或咳嗽和/或至少两个症状：喉咙痛，头痛，腹泻，腹泻，呕吐，呕吐，哮喘，哮喘，肌肉疼痛，肌肉疼痛，关节疼痛，味觉或味道或短味，呼吸的损失或呼吸差。

　　医疗保健专业人员收集了上呼吸道样品，其中有一个用于口咽的植入锥拭子，然后是鼻中逆转，并立即放入含有的无菌管中，其中包含带有运输培养基的无菌管（Eswab，Copan Italia spa）。根据美国疾病控制与预防指南中心进行采样18。简而言之，对于口咽采样，将拭子插入后咽部和扁桃体区域，并在扁桃体柱和后口咽上摩擦，避免触摸舌头，牙齿和牙龈；对于深鼻样采样，将拭子插入两个鼻孔中约2厘米，而几次轻轻旋转在鼻壁上。将样品存储在2–8°C直至测试，该样品在收集的72小时内进行。作为对采样正确执行的量度，每个PCR都包含一个内部控制，旨在扩大编码RNase P的人类管家基因。未显示内部正面对照的反应被归类为无效并重复。总核酸从200μl鼻咽拭子样品中纯化，并使用Magna Pure 96系统（Roche Applied Sciences）在最终体积的100μl中洗脱。Detection of SARS-CoV-2 RNA was performed by an in-house real-time RT–PCR method, which was developed according the protocol and the primers and probes designed by Corman et al.19 that targeted the genes encoding envelope (E) (E_Sarbeco_F, E_Sarbeco_R and E_Sarbeco_P1) and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp:SARS-COV-2的RDRP_SARSR-F，RDRP_SARSR-R，RDRP_SARSR-P1和RDRP_SARSR-P2）。使用一个步骤实时试剂盒（Thermo Fisher Scientific）在最终体积的25μl中进行实时RT – PCR分析，其中包含5μl纯化的核酸，并在ABI 7900HT快速序列检测系统（Thermo Fisher Scientific）上运行。E和RDRP基因测定的敏感性分别为5.0和50基因组等效拷贝，分别以95％的检测概率为95％。这两种测定法与特有的人冠状病毒HCOV-229E，HCOV-NL63，HCOV-OC43和HCOV-HKU1以及MERS-COV都没有交叉反应性。所有测试均在Padova University医院的临床微生物学和病毒学单元进行，该学院是新兴病毒感染的区域参考实验室。在意大利卫生研究院（Istituto Superioredianità）的国家参考实验室进行了最初的双重测试后，该研究结果证明了100％的结果协议，该地区参考实验室作为COVID-19测试的参考实验室获得了认证。

　　从实时RT – PCR分析中收集了E和RDRP基因的周期阈值（CT）数据。E基因的CT数据可用于30个有症状，5例预症状和23种无症状感染，以及27个有症状，9例预症状和26种无症状感染的RDRP基因。根据校准标准曲线进行的线性回归推断基因组等效副本。根据最终稀释因子（1：100），将插值的CT值进一步乘以100。使用模块Scipy 1.4.1，Numpy 1.18.1和Matplotlib 3.2.120在Python3.7.3中计算线性回归。将两个基因的基因组当量分布与确切的Wilcoxon – Mann -Whitney检验进行了比较，以进行阳性，无症状和预症状参与者。数据集中都提供了病毒负载基因组当量和原始CT数据。

　　我们使用了社区内追踪的联系以及从家庭组成数据（报告中报告）衍生出的家庭接触的数据，以指示传输和传输群集的链条。我们使用R软件包EPICONTACTS21,22可视化重建的传输链。我们提供用于推断串行间隔（从感染者症状发作到感染者症状发作的时间）和有效繁殖数量（分别在补充信息1和2中）在补充信息1和2中分别在补充信息文本中推断有效的繁殖数量（由已确定的感染者产生的中性感染的平均数量（平均的继发感染次数））的算法。简而言之，我们推断了测试阳性但缺少发作日期的参与者的症状发作日期（从症状发作到确认的时间段）（对于在多个采样时间测试阳性的参与者，我们使用了第一个抽样时间）。然后，我们将观察到的症状发作日期与接触信息一起使用，以推断采样人群中的传播对。反过来，重建的传输对被用来表征整个研究期间以及锁骨前和锁骨后期的串行间隔。中央有效的繁殖数估计值是根据观察到的或估算的感染者产生的二次感染的平均次要感染数量，当发现多个或没有一个以上的潜在感染者时，将感染者随机分配。通过自举估计95％的顺式。所有详细信息均在补充信息文本1和2中提供。

　　第一次调查发生在2020年21至29之间，第二次调查发生在2020年3月7日。在模型中，我们假设在第一个样本收集日期的加权平均值上进行了流行，即2020年2月26日和2020年3月7日。该模型的流程图在图5中给出了超级数据。流行性。感染后，感染的人会孵育病毒（E室），并在进入平均持续1/δ天的阶段（TP隔室）之前平均患有1/ν天数，而人们没有症状表现出症状，并且患有可检测的病毒血症。我们假设在整个感染过程中，受感染人群的比例p仍然无症状（IA隔室），其余比例1 -P会出现症状（是隔室）。我们假设有症状（IS），无症状（IA + PTP）和症状（（（1- p）TP）人有助于SARS-COV-2的继续传播，并且有症状的，无症状的和预性的人平均向病毒传播该病毒，平均为1/δ + 1/γ天。我们进一步假设可以通过超过传染性时期的拭子测试来检测该病毒。该假设与以下假设兼容，即在一定阈值的病毒载荷上发生传播，但是诊断测试可以检测到传播阈值以下病毒的存在。车厢TPS和TPA分别代表了不再具有感染性但具有可检测的病毒载量的症状和无症状患者，因此测试阳性。最终，所有感染的病毒负荷降低到检测到低于检测的范围，并且人们进入了测试阴性（TN）隔室。我们假设在锁定开始的那一天的复制号码变更。在实施隔离之前，复制号由 我们假设它会下降到锁定开始后，其中1- w代表了由于干预而降低的％。我们让TI表示调查I（i = 1，2）的参与者的数量，分别表示PAI，PPI和PSI，分别表示无症状的拭子测试阳性的拭子的数量（也就是说，那些在测试时没有症状的症状，但后来出现了症状，但后来又出现了症状）和有症状的参与者。我们假设有症状，症状和无症状感染之间的阳性拭子数量I遵循带有参数ti和πxi的二项式分布，其中πxi表示对X的调查I测试阳性的概率（其中x = a，p，s）。对于有症状的参与者，πSI由无症状参与者给出，πAI由πAI给出，对于预症状参与者，假设πpi由假设具有完美的诊断灵敏度和特异性。该模型的可能性是由二项式分布的产物给出了有症状的，有记量的和无症状的参与者，有时是Ti，i = 1，2。在贝叶斯框架中使用大都市框架，使用Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法进行了均匀的先验分布的方法。我们将平均发电时间（等于1/ν + 1/δ + 1/γ）固定为7天19，并让模型推断1/ν和1/δ。我们探索了以下值：2.1、2.4、2.7，这些值与3-4天的两倍时间兼容，如VO'和Veneto地区其他地方所观察到的。我们假设感染的播种发生在2020年2月4日。我们探索了在传染周期以外的病毒可检测性持续时间的不同情况，并将1/σ固定为2、4、6、8、10和12天。我们估计了时间t0（2020年2月4日）中其他地方引入的感染数量，无症状感染P的比例，平均持续时间1/ν， 1/δ和1/γ以及由于干预措施（1 -w）100％而降低的％。

　　我们应用逻辑回归来测试SARS-COV-2阳性（整体和第二次调查）与年龄组（10岁年龄段，从0岁到81岁）与性别（男性和女性）之间的关联。我们使用Fisher的精确测试比较了两种二项式比例，以评估41个确认的Covid-19病例的症状之间存在关联，这些病例与VO'一起居住与使用的不同类型的合并症和治疗方法之间是否存在关联。对第二个时间点阴性的患者子集重复分析（结果未显示）。为了增加数据的功能，我们增加了样本量，其中包括另外11个确认的Covid-19案件，这些案件居住在其他村庄附近的村庄。这些情况都没有在5％的水平上提供重大关联。

　　VO'人群的第一次取样是在威尼托地区建立的监视计划中进行的，不需要道德批准。第二次抽样已获得帕多瓦省伦理临床研究伦理委员会的批准。研究参与是通过同意。对于18岁以下的参与者，由父母或法定监护人提供同意。

　　有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然研究报告摘要中获得。