2025-06-24 02:51来源:本站
SARS-COV-2 MA10菌株7的P1库存在从ATCC获得的VEOE6细胞中放大,该ATCC经过设计以稳定表达TMPRSS2(VEROE6-TMPRSS2)。为了产生P2工作量,Veroe6-TMPRSS2细胞以每个细胞的多种感染(MOI)为0.1 PFU,并在37°C下孵育4天。随后收获含有病毒的上清液,通过离心(3,000g; 10分钟)阐明,并使用带有0.22-μm膜的一次性真空过滤系统过滤。通过在HUH-7.5细胞上通过标准斑块测定法测量病毒滴滴,这些斑块稳定地表达ACE2和TMPRSS2(HUH-7.5-ACE2/TMPRSS2)。简而言之,使用Opti-MEM中的500μl连续十倍的病毒稀释液用于感染前一天的4×105细胞中的4×105个细胞,将其播种到6孔板的井中。90分钟后吸附后,去除病毒接种物,并用含有10%FBS的DMEM覆盖,具有1.2%的微晶纤维素(Avicel)。将细胞在33°C下孵育4天,然后用7%甲醛和晶体紫染色进行固定,以进行斑块计数。为了确认病毒身份并评估在扩增过程中获得的不需要突变,使用Trizol试剂(Thermofisher)纯化病毒量的RNA。简而言之,将200μl的每种病毒量添加到800μlTrizol试剂中,然后将200μl氯仿添加到200μl,然后以12,000g离心5分钟。上水相被移至新管,并与等体积的异丙醇混合,然后添加到Rneasy Mini Kit柱(Qiagen)中,按照制造商的说明进一步纯化。随后,使用Illumina Miseq的文库进行了下一代测序,证实了病毒量。
SARS-COV-2 NYC分离株是从A. A.慷慨提供的患者唾液中获得的,并在Caco-2细胞中放大了。该P1病毒用于通过以每个细胞为0.05 pfu的MOI感染CACO-2细胞来产生P2工作库存。如上所述,将细胞在37°C下孵育6天,然后收集含病毒的上清液。同样,通过在HUH-7.5-ACE2/TMPRSS2细胞上进行的斑块测定法确定病毒储备滴度。所有SARS-COV-2实验均根据机构和联邦准则在生物安全3级(BSL-3)遏制中进行。
VEOE6细胞(ATCC,CRL-1586),CACO-2细胞(ATCC,HTB-37)和HUH-7.5 HEPATOMA细胞34在Dulbecco的修改后的EAGLE培养基(DMEM)中培养,并补充了1%的非注重氨基酸和10%的胎牛血清(FBS)。293T细胞(ATCC,CRL-3216)和HT1080-ACE2(由P. bieniasz(Rockefeller University)提供的DMEM中均维持了10%FBS,50 U ML-1青霉素和50μgML-1链霉菌素(热疗法)。所有细胞系在5%CO2处保持在37°C。在37°C下,将expi293f细胞(热泡)保持在37°C,8%CO2中,在补充10 U ML -1青霉素和10μgml -1链霉素的Expi293表达培养基(Thermofisher)中。购买后未对细胞系进行身份验证。所有细胞系对支原体污染的阴性测试。
洛克菲勒大学机构动物护理和使用委员会批准了体内实验,并符合联邦法律和机构指南。在洛克菲勒大学的比较生物科学中心保持仓鼠和小鼠的控制环境温度(20-25°C)和湿度(30-70%)的环境,具有12小时的深色:光周期。金叙利亚仓鼠购自查尔斯·河实验室(Charles River Laboratories)(应变代码049),并遵守美国农业部法规。FcγR knockout (mFcγRα−/−; Fcgr1−/−) and FcγR-humanized mice (mFcγRα−/−, Fcgr1−/−, hFcγRI+, hFcγRIIaR131+, hFcγRIIb+, hFcγRIIIaF158+ and hFcγRIIIb+) were在C57BL/6背景中生成,并在先前的研究中表征11,25。
如先前所述的9,使用特定引物通过位置定向诱变产生人IgG1 Fc域变体,并使用先前描述的方案表达并纯化重组IgG抗体。通过SDS -PAGE评估纯度,然后使用Safestain Blue染色(Thermofisher)以及使用SuperDex 200增加10/300GL柱(GE Healthcare)在äktaPure 25 HPLC系统上(使用Unicorn v.6.3软件进行分析的数据)。所有抗体制剂均超过94%的纯度,内毒素水平小于0.05 EU MG -1,如Limulus amebocyte裂解物测定法所测量。
基于质粒的HIV-Nanoluc-Sars-Cov-2伪病毒System35由P. Bieniasz(Rockefeller University)提供。通过定点诱变对S基因进行修饰,以引入MA10或B.1.351菌株中存在的氨基酸变化7。SARS-COV-2野生型,MA10和B.1.351伪病毒颗粒是通过使用X-三元HP DNA转染试剂(SIGMA)转染基于两质子的基于两质粒的系统将其转染到293T细胞的。
基于当前的Auratus基因组组装(Mesaur1.0)和最近的转录组数据36,鉴定出黄金叙利亚仓鼠FcγRcDNA序列。为了验证序列,使用以下引物从叙利亚仓鼠脾脏脾脏(Zyagen)进行扩增并测序(Genewiz):仓鼠FcγRI(5'-GGCGCGACAAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTCAC-3',5'-CGGACACACATCATCATCATTCATCATCATCATCATCATCATACAAG2.(5'-CTGCTGGGACACATGATCTCC-3',5'-TTAAAATGTGGTGGTGGTGGTGTGTATGCTGCTG-3'),仓鼠FcγRIII(5'-Gagtctggagacacagacagagatgtttttttttttcag-3'(5'-AATGGGTGAGGGTGCTTGAG-3',5'-GAGGGAATGTGTGGGACAGG-3')。为了鉴定跨膜和细胞质结构域,将叙利亚仓鼠FcγR蛋白序列与注释的小鼠FcγR蛋白序列(Uniprot)对齐。如上所述,单克隆抗体通过瞬时转染产生可溶性叙利亚仓鼠FcγR外生素。叙利亚仓鼠FcγR表达质粒是由编码分泌信号肽,预测的叙利亚仓鼠FcγR外生域和C末端链球菌或他的标签的。转染期间细胞后,根据制造商的指示,使用链球肌tactin superflow Plus树脂(Qiagen)或Ni-NTA琼脂糖(QIAGEN)通过亲和力纯化从无细胞上清液中纯化重组FcγR。将纯化的蛋白透析透析为PBS,并通过SDS -PAGE进行纯度评估,然后进行Safestain蓝色染色。使用SuperDex 200增加10/300 GL柱(GE Healthcare),将单体FcγR外生素从聚集体中分离出来。
所有实验均在HBS-EP+缓冲液(10 mM HEPES,pH 7.4,150 mm NaCl,3.4 mm EDTA,0.005%(V/V)表面p20)中使用HBS-EP+缓冲液的25°C(10 mM HEPES,pH 7.4,150 mm NaCl,pH 7.4,150 mm)进行所有实验。IgG抗体以2,000个响应单元(RU)的密度固定在S系列蛋白G传感器芯片(GE Healthcare)上。重组可溶性仓鼠FcγR外生组的系列稀释液以20μlmin -1的形式注入流细胞,浓度范围为1,000至15.625 nm(连续的1:2稀释)。关联时间为60 s,然后是900-S解离步骤。在每个循环结束时,使用甘氨酸HCl缓冲液(10 mm,pH 2.0;50μlmin -1,30 s)再生传感器表面。减去与空白固定流动细胞的结合,并使用BIACORE T200评估软件V.2.0(GE Healthcare)使用1:1 Langmuir结合模型计算亲和力常数。
如前所述35,测量了IgG1 FC域变体的中和活性。简而言之,在用SARS-COV-2野生型,MA10或B.1.351伪病毒感染前24小时,将HT1080-ACE2细胞接种在96 U孔黑板中。将假病毒颗粒与单克隆抗体(从10μgml-1开始串行稀释的四倍稀释)预孵育1小时,然后在37°C下进行1小时,然后添加到HT1080ACE2细胞的单层中。在37°C下孵育48小时后,用PBS仔细洗涤细胞,并用荧光素酶细胞培养裂解试剂(Promega)裂解15分钟。使用0.5 s的集成时间,通过添加纳米GLO荧光素酶测定系统(Promega)来检测纳米荧光素酶活性,并通过Spectramax Plus分光光度计(Molecular Devices)测量。使用SoftMax Pro V.7.0.2软件(分子设备)收集和分析数据。将相对荧光素酶单位标准化为在没有单克隆抗体的情况下从感染了相关SARS-COV-2假病毒感染的细胞中。
将重组SARS-COV-2 RBD固定(1μgml-1)固定到高结合96孔微滴定板(NUNC)中,并在4°C下过夜孵育后,用PBS加2%(w/v)BSA阻塞板2 h。阻塞后,将板与连续稀释的IgG抗体或血清样品孵育1小时(在100 ng ml-1开始的PBS中连续1:3连续稀释),然后是辣根过氧化物酶 - 偶联的山羊抗人类IgG(1 H; 1 H; 1:1:5,000; Jackson Immunoresearch)。使用TMB两分量过氧化物酶底物试剂盒(KPL)开发了板,并加入1 M磷酸,停止了反应。立即使用Spectramax和分光光度计(分子设备)记录450 nm处的吸光度,并减去阴性对照样品的背景吸光度。使用SoftMax Pro V.7.0.2软件(分子设备)收集和分析数据。
根据先前描述的方案37,评估了与IgG1 FC变体与IgG1 FC变体结合的人类和小鼠C1Q。简而言之,将抗体在PBS中连续稀释(100-0.046μgml-1),并在高结合的96孔微量滴定板上涂层过夜(4°C)。用PBS+0.05%Tween-20洗涤后,将板用2%BSA阻塞。加入正常的小鼠或人血清(3%),并轻轻摇动60分钟。为了检测C1Q结合,在0.5μgml-1的情况下添加单克隆小鼠抗C1Q抗体(JL-1,ABCAM),在1:5,000的稀释下使用辣根过氧化物酶偶联的山羊抗小鼠IgG,并开发并分析了板,并在上面开发和分析。
将血液收集到微阀血清凝胶管(SARSTEDT)中,并通过离心(10,000g,5分钟)分离血清。通过以前描述的方案11来确定IgG水平通过酶连接的免疫吸收测定法(ELISA)确定。
所有动物感染实验均在动物生物安全3级的洛克菲勒大学比较生物科学中心(ABSL-3)遏制,符合机构和联邦指南。用异氟烷(3%)在VETFLO高流动蒸发器中用异氟烷(3%)麻醉仓鼠(6至8周龄),然后在腹膜内注射氯胺酮(150 mg kg-kg-1)和甲基嗪(10 mg kg-kg-kg-1)。用105个PFU SARS-COV-2(NYC分离株,100μL病毒接种物)对仓鼠进行鼻骨挑战。用氯胺酮(75 mg kg-1)和甲苯嗪(15 mg kg-1)混合物(腹膜内腹膜内)用氯胺酮(75 mg kg-kg-1)和二甲苯(15 mg kg-1)和二甲苯(15 mg kg-1)(15 mg kg-1)(15 mg kg-1)麻醉小鼠。
没有使用统计方法来预先确定样本量。根据初步研究,该研究确定了感染和单克隆抗体治疗后生存的实验变化,我们进行了功率计算,并确定每组至少至少n = 6只动物足以检测实验组之间的差异(以80%的措施为5%的显着性水平为5%的显着性水平;通过对数阶(Mantel-cox)测试评估生存率)。
感染后,每天通过二氧化碳窒息对动物进行监测,并在洛克菲勒大学机构动物护理和使用委员会授权的端点上对动物进行监测,包括以下任何一个:明显的嗜睡或不活动,严重的呼吸窘迫或劳力疲劳,呼吸,无能为力,无能为力或较大的基础基线的体重损失超过20%。动物是根据年龄,性别和体重随机分配的。在治疗之前,我们确保各个治疗组之间的平均体重,性别和年龄是可比的。治疗组并未对监测动物生存和体重挑战的人员视而不见。对于抗体介导的预防,在病毒攻击前一天静脉注射抗体,而对于抗体介导的治疗,在感染后一天对抗体进行了抗体。以mg kg -1体重计算抗体剂量。
来自安乐死小鼠的肺被灌输了10%的中性福尔马林缓冲液,并被淹没10%的福尔马林固定。将固定的组织嵌入石蜡中,切成4μm厚度,并用血久毒素和曙红染色。通过董事会认证的兽医解剖学家对肺的切片进行显微镜评估,并使用带有Cellens Villens Vimension软件的SC30摄像头用Olympus BX45光学显微镜捕获代表性图像。
仓鼠在感染后指示的时间点上安乐死,并记录肺部重量。将肺在Trizol(Thermofisher)中裂解,并使用GentleMacs Octo Exocotiator(Miltenyi Biotec)在温和的Mac中解离。将样品转移到Phasemaker管(Thermofisher)中,并加入氯仿(每ML Trizol200μl氯仿)。剧烈摇动后,将管子静止5分钟,然后在4°C下以12,000克离心15分钟。将包含RNA的水相转移到新的管中,并使用RNeasy Mini Kit(Qiagen)进行RNA提取。SARS-COV-2肺滴度通过定量PCR,使用Taqman Fast Virus 1-Step Master Mix,专门设计的引物和Taqman探针结合SARS-COV-2(2019-NCOV_N1-F:5'-GACCCACCACAAAATCAGCAATCAATCGAAAT-3的核素基因中),确定逆转录测定法和逆转录测定。5-TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG-3'; 2019-NCOV_N1-P:5'-FAM-ACCCCCGCATCCGCATTACGTGTGGTGGTGGTGGTGGACCBHQ1-BHQ1-BHQ1-3')。使用以下参数使用施加的生物系统QuantStudio 6 Flex Cycler进行定量PCR:50°C持续5分钟,95°C持续20 s,然后在95°C的40循环中进行3 s,在60°C下30 s。将来自未知样品的信号与已知的标准曲线(通过BEI资源,NIAID,NR-52358获得),病毒滴度表示为每毫克组织的RNA拷贝。
在红细胞裂解(RBC裂解缓冲液; Biolegend)之后,将细胞重悬于含有0.5%(w/v)BSA和5 mM EDTA的PBS中,并用以下荧光标记的抗体标记为1:200稀释(除非另有说明):anti-Humanfcγ-HumiA(clone-fcγ-humia II imiv.3)。3)FcγRIIB(克隆2B6)-Dylight650(在5μgml-1中使用),抗B220-Alexafluor700,抗Gr1-BrilliantViolet421,抗CD8β-BRILLINTVIORET510,抗CD8β-BrilliantViolet510,抗HumanfcγRi(clonefcγRiianiant-brilliantimiant-ctd3530530553055)。(在1:100稀释时使用),抗CD11b-brilliantViolet711,抗CD4-BRILLINTVIORET785,抗人FcγRIIIA/B(克隆3G8)-PE和抗NK1.1.1.1.1 – PE – PE – CY7。使用并包括相关的同种型对照抗体:鼠标IgG1同种型控制-DYLIGHT650(使用5μgml-1),鼠标IgG2B Kappa同型控制– FITC,鼠标IgG1 Kappa Isotype Isotype Control – PE,Mouse IgG1 Kappa Isotype Contrype Control – BrilliantVioletVioletVioletVioletVioletVioletVioletVioletVioletVioletvioletvioletvioletvioletvioletviolet605。Samples that were stained with isotype control antibodies were also blocked with unlabeled anti-FcγR antibodies as follow: anti-human FcγRI (clone 10.1), anti-human FcγRIIa (clone IV.3), anti-human FcγRIIb (clone 2B6), and anti-human FcγRIIIa/b (clone 3G8) (used at10μgml -1并孵育5分钟,然后用荧光标记的抗体染色)。使用Attune NXT软件v3.1.2对Attune NXT流式细胞仪(Thermofisher)分析样品,并使用FlowJo(V10.7)软件分析数据。
所有主要数据和扩展数据图的原始数据都包含在手稿中,作为源文件。多个实验的结果表示为平均值±S.E.M.使用单向或双向方差分析来测试定量变量平均值的差异,并且在发现统计学上显着的效果的情况下,使用Bonferroni(针对多重比较)进行了事后分析。通过使用对数秩(Mantel – Cox)测试比较Kaplan – Meier曲线,分析了生存率之间的统计差异。收集数据并用Microsoft Excel和GraphPad Prism v.9.1软件(GraphPad)进行分析,并且P <0.05被认为具有统计学意义。
有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然研究报告摘要中获得。