2025-06-23 11:48来源:本站
〜28K剂量分级的显微照片是从使用抗α1Fab(1f4)作为亲和力试剂的多个纯化的多个网格中收集的。所有数据处理均在CryoSparc v4.4中进行。挑选颗粒并进行多发2D分类;最终结果显示,从此步骤中选择了〜1.3 m的颗粒。从头开始进行了3个类,用作整个粒子集的异质细化的输入。一个粒子集来自异质细化,包括〜1.0 m颗粒,该颗粒受到了不均匀(NU)的细化。该地图和粒子集作为所有3D分类的起点。主要的3D分类使用了整个ECD周围的聚焦掩码,并设置为10个类(Class0 -class9)。由于主要在ECD中找到了最高分辨率的特征,因此选择了ECD掩码,因此该区域应允许组成异质性更加可靠的分离。Class0和Class5包含两个强的FAB密度,因此将其组合在一起,并精制到模型构建过程中易于定义为β2-α1-α1-β2-β2-α1-γ2的单个亚基排列。该地图和亚基排列通过列出BOLD字体的亚基顺序,表示该数据处理中的最终,高置信度端点。基于FSC的MAP分辨率估计值和粒子数在所有地图下都给出。由于存在一个强的晶圆厂,并得出了约2.6Å分辨率图,因此将类别1、2和4类合并。输入类(1、2、4)中TMD信号的异质性促使我们对这个〜420k粒子集(8类)进行次级3D分类。然而,从主要的3D分类中,由于各向异性分辨率特征提示优选方向或整体低分辨率,因此将Class3和Class6级Class3和Class6级9被排除在进一步分析之外(Class3和9)(Class3和9)。。使用对链A-B ECD的焦点图对含有颗粒的1-bab的二级分类。在测试了一个大面具后(单个亚基,对,相邻的三重态),选择该区域进行掩盖。所有3D类均经过NU的细化,然后进行原子模型构建,以开始为映射位置分配亚基(补充图1-11)。Class0和Class5表现出公共组装的特征,因此被合并并精制到β2-α1-α1-γ2-β2-α2的最终亚基排列。在数据集的此流程图中总结了所有处理,上述解释是代表性决策方法。每个组合物也被标记为(A-G),对应于图2中的标签和扩展数据图6。在某些情况下,地图中的单个位置显然是两个亚基的混合物,例如α2/α3。在其他情况下,我们将异质性指定为“混合物”,而是这意味着一个或多个位置尚未明确,α与βvs.γ。尽管我们不能在“最终”粒子集中排除污染的可能性,这是由于不正确的颗粒而产生的,但我们可以信心结论,对于每个“最终”地图,构建的模型代表了该粒子集中明显的主要物种。