招募了被诊断出患有MPDAC并计划接受GNP或FOLFIRIRINOX治疗的患者进行研究（n = 30）。获得了伦理委员会批准的所有患者的知情同意（德国伦理学委员会（Ethikkmmiss derärztekammerHamburg）。在治疗的前三个月接受抗生素的患者未提供治疗前的粪便，未开始化疗或患有COVID-19的患者被排除在分析之外（n = 7）。使用家庭采样试剂盒（Omnigene，Gut OMR-200）在化学疗法开始之前收集粪便，以进行shot弹枪元基因组测序。测序后，由于样品管的过载后，排除了一个样品，这导致固定失败和微生物群的有限表示。因此，菌群分析的最终队列包含22例患者。R和NR患者的分类主要是基于肿瘤收缩至少25％，该肿瘤的收缩率是根据CT扫描中原发性肿瘤的减少和最大的转移的降低，将治疗开始前的时间点与揭示了一线治疗期间最佳响应的时间点相比，当地径向学家评估了一线治疗期间最佳响应（20至30％的变化）（通常在CT响应中的20至30％）。在疾病稳定或缺失CT扫描的情况下，PFS的标准超过140天（现实世界中的Folfirinox和GNP同伴的PFS中位数）或血清肿瘤标记中至少下降了40％（预后削减PDAC PDAC治疗37）的标准至少下降了40％。在没有任何添加剂的管子中收集用于功能实验的粪便，直接直接运输到实验室中，随后在20％甘油（Teknova，g1723）中稀释，在-80°C下等分并冷冻。为了保存大多数供体微生物群进行功能实验，从厕所到冰箱的最大周转时间为4 h。在化学疗法治疗的第三或四个周期中抽血， 使用梯度离心分离磷酸盐缓冲盐水（PBS）和血浆混合1至1。慕尼黑队列的血清材料是在化学疗法开始之前服用的，并根据局部标准进行处理。获得了慕尼黑道德委员会批准的所有患者的知情同意（项目编号：284-10）。

　　本研究中使用的所有小鼠均具有C57BL/6背景。所有小鼠均根据机构审查委员会“BehördeFürsoziales，Familie，Gesundheit und derbraucherschutz”（德国汉堡）使用。将小鼠保持在SPF或无菌条件下，环境温度为20±2°C，湿度为55±10％，深光周期为12小时。在大多数情况下，使用了4至16周之间的年龄和性别匹配的同窝仔。MPO - / - 用于建立骨髓嵌合体的骨髓由S. Baldus和M. Mollenhauer提供。AHR - / - 用于建立骨髓嵌合体的骨髓由C. Esser提供。

　　对于人类微生物群的定植，将粪便解冻，用脑心脏输注肉汤（BHI）洗涤并在BHI中稀释。一百微透明的悬浮液口服一旦口服，将悬浮液用于等同的gnotobirotic小鼠。两到四个星期后，开始了肿瘤实验。

　　根据小型试验实验计算样本量，并且在治疗开始之前将小鼠随机分组。由于复杂的治疗时间表，治疗小鼠的人没有蒙蔽。For models of orthotopic PDAC, 5 × 104–10 × 104 KPC, 2 × 105 Hy19636, 1 × 105 mSt-ATG4B/mSt or 1 × 105 knockdown KPC (AhR, GPX, scramble control) cells were injected orthotopically in a 1:1 mixture of PBS and Matrigel (Corning, 356231).除非另有说明，否则在肿瘤细胞注射后第20天评估肿瘤重量。对于皮下肿瘤的生长，将2.5×105 LLC-GFP或1×106 MC38细胞皮下注射到侧面中。每隔一天使用卡钳测量皮下肿瘤生长。在注射肿瘤细胞后的第17天评估肿瘤重量。活性实验小鼠的皮下肿瘤的最大直径为1.5 cm，限制不超过限制。

　　对于骨髓嵌合体，在骨髓转移前24小时用9.6 Gy（Biobeam 2000）照射受体小鼠。一天后，从野生型，AHR - / - 或MPO –/ - 小鼠中分离出的1×106–4×106骨髓细胞是通过静脉注射转移的。转移三到四个星期后，对癌细胞进行了原始注射和处理，如下所述。通过定量PCR（QPCR）在肿瘤浸润的免疫细胞上通过定量PCR（QPCR）验证了成功的植入。

　　在指定的时间点（通常是在癌细胞注射后的第11天），对化学疗法进行腹膜内（i.p.）的治疗。Oxaliptin（Accord）5 mg kg-1，伊立替康（Accord）20 mg kg-1和5-Fu（Medac）50 mg kg-1用于激发治疗，如其他研究中所述38,39。未使用叶酸，吉西他滨（Hexal）120 mg kg-1和nab------------甲苯二烷（Celgene）30 mg kg-1用于GNP处理。通过用200μg抗CD8抗体克隆53-6.7（Bioxcell，BE0004）或与200μg抗CD4抗体克隆GK1.5（Bioxcell，BE0003，BE0003）单独使用200μg抗CD8抗体克隆（BIOXCELL，BE0004）（BEIOXCELL，BE0003），每三天，每三天I.P.开始，就可以从化学治疗前一天开始，从而实现T细胞的消耗。对照小鼠用相似的浓度和间隔用各自的同种型对照克隆2A3（Bioxcell，BE0089）处理。使用两个I.P.实现自噬诱导。在化学疗法治疗的一天和当天，对海藻糖（Sigma，T9449）注射3 g kg -1。同样，将溶解在PBS中的60 mg kg -1氯喹（Sigma，C6628）注射。在化学疗法治疗的一天和当天。

　　使用吲哚 - 乙酸 - 酸性钠盐（Sigma，i5148）使用3-IAA（500 mg kg-1）处理，每天连续五天（在化学疗法之前两天之前两天直到化学治疗后两天）溶解在PBS中。吲哚-3-丙酸（3-IPA； Sigma，57400），GCA（Sigma，G2878），河马酸（Sigma，112003）和DCA（Sigma，Sigma，30960）溶于PBS中的1 M NaOH中，并使用1 M NaOH溶于1 M NaOH，并使用1 m Hcl溶于7.4。将溶液连续五天口服，浓度为500 mg kg-1（3-ipa，hippuric Acid）或250 mg kg-1（GCA和DCA）。NAC（Sigma，A7250）以1 g l -1的浓度在饮用水中施用五天。

　　饮食色氨酸调节是在化学疗法前三天开始的，直到治疗后一天。在一个实验中，将色氨酸调制总计14天。标准饮食（2.3 g kg-1色氨酸; Altromin，1320）更改为合成晶体crystalline aa无氨基烷基（0 g kg-1; ssniff，s9336-e701）饮食或结晶AA throptpophan-high（12 g kg-kg-kg-1; ssniff，ssniff，s5714-e714-e714-e71111）。随后，饮食转回标准饮食。

　　饮食多西环素（Sigma，D9891）以625 mg kg -1的剂量从饮食开始，从饮食开始于癌细胞注射后的第五或八天，总共连续七天总共七天。随后，饮食转回标准饮食。

　　为了测量血清代谢物，在实验结束时或指定的时间点抽取血液。允许血液凝结30分钟，然后将其离心（1,000克），此后10分钟。如特定部分所述，将血清稀释并使用。

　　对于DNA提取，用Zymobiomics 96 MagBead DNA试剂盒（Zymo Research，d4302）分离样品，并用Zymo DNA清洁和浓缩剂5（Zymo Research，d4004）纯化。使用Nebnext Ultra II DNA库预备套件制备图书馆，用于Illumina（新英格兰Biolabs，E7645），总DNA为150 ng，尺寸选择400-500 bp和4x PCR周期。

　　对于shot弹枪宏基因组学，使用Nebnext Ultra II FS DNA图书馆准备套件（新英格兰Biolabs，E7805）进行Illumina库的准备。图书馆的准备是根据制造商的说明进行的。使用AMPURE XP珠（Beckman Coulter，A63882）进行尺寸选择，并使用七个PCR使用Nebnext多路复用寡聚（New England Biolabs，e7335，e7335）从Illumina中进行了适配器富集，并从Illumina中进行了启动，然后从Illumina Novaseq（Illumina Novaseq（Illumina Novaseq）（2×150 bp）进行。

　　为了进行生物信息学分析，将原始读数用于低质量，并用BBDUK对PHIX174和人类HG19基因组进行过滤（参考文献40）。对于分类物种的分析，所有图书馆均使用BBMAP（参考文献41,42）绘制针对统一的人类胃肠道基因组收集（n = 4,644）。将映射速率标准化为每百万（TPM）的转录本，基因组覆盖率少于10％的基因组（基因组宽度）被认为在样品中不普遍。数据总结为元基因组运营分类单元（OTUS）中的生物膜格式，并用Thyloseq和Lefse分析（参考文献43,44）。物种级的功能分析是用Humann3进行的，还使用人类微生物组的990万基因集成参考目录。

　　从德国的微生物和细胞培养物（DSMZ）中获得了菌落thetaiotaomicron（DSM 2079），B。fragilis（DSM 2151）和Prevotella copri（DSM 18205）。为了分离细菌，将冷冻在甘油中的粪便样品解冻，并在BHI血琼脂平板上的连续稀释液（5％除纤维化的绵羊的血液和维生素K3）中逐渐散布，并补充了vancomycin。在37°C的培养箱内生长琼脂板2天后，将单个菌落在96孔板中捡入BHI-S培养基中，并进一步孵育24小时。使用特异性引物（B. theta f 5'-Gagggtgtgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcggaagg-3'r 5'-gttcctgatcctgatccagtgtgtggtgg-3'）或5'-atttgggatgcatacgg-3'）。在琼脂平板上传递PCR阳性孔以获得纯培养物并通过Sanger测序获得身份的额外确认，因此在BHI-S中保持了菌株，直到进一步使用。将所有细菌菌株均培养并在补充有10％胎牛血清（FBS）和维生素K3（BHI-S）的BHI肉汤中厌氧。

　　从完全生长的过夜细菌培养物（1:50）接种了补充1％色氨酸的BHI-S培养基，并厌氧地孵育直到早期指数期。从厌氧室中取出培养物，并在室温下以4,700 rpm（4,816克）的速度离心5分钟。除去上清液，并在-20°C下立即冷冻。

　　使用Dneasy血液和组织试剂盒提取肿瘤的DNA（Qiagen，69504）。用蛋白酶K在56°C的ATL缓冲液中消化约10 mg组织。之后，根据制造商的协议处理样品。在提取样品期间包括空白的提取控制。

　　根据先前的Report45，使用引物对27F-338R使用引物对27F-338R扩增16S rRNA基因的可变区域V1和V2。对于肿瘤，使用3.5 µL DNA进行扩增，并使用琼脂糖凝胶电泳验证PCR产物。使用序列归一化板试剂盒（Thermo Fisher Scientific，A1051001）将最终的PCR产物标准化，并在Illumina Miseq V3 2×300bp（Illumina）上进行了测序。测序后的反复分解基于条形码序列中的0不匹配。使用大数据集的DADA246工作流进行数据处理（https://benjjneb.github.io/dada2/bigdata.html;针对V1 – V2区域调整的工作流程，可以在此处找到：https://github.com/mruehlemann/ikmb_amplicon_processing/blob/master/master/dada2_16s_workflow.r），导致大量的amplicon序列序列变体（ASVS）。ASV使用DADA2中提供的贝叶斯分类器并使用核糖体数据库项目（RDP）版本16版本进行了分类注释。将无法分配到属水平的序列被归纳为最好的分类学分类。

　　我们使用超高压液相色谱 - 倾向质谱法（UPLC – MS/MS）来获取正极和负电离模式中的数据，允许识别和定量630个代谢物。根据制造商的说明，使用MXP量500试剂盒（Biocrates）处理血浆样品。简而言之，将10 µL的血浆样品，校准标准和对照样品转移到包含内标准校准的内部标准的过滤器上。使用压力歧管（水）将过滤器在氮气流下干燥。将样品与衍生化试剂异氰酸酯孵育60分钟。在氮下干燥后，用甲醇中的5 mmol L -1乙酸铵提取分析物，并将洗脱株进一步稀释以进行UPLC -MS/MS分析。靶向分析涵盖了630个代谢物（https://biocrates.com/mxp-quant-500-kit/）在UPLC分离和流动注射分析（FIA）后，MS/MS检测到了MS/MS。每个测量需要进行两次UPLC运行和三个FIA运行才能覆盖所有代谢物。所有分析均在与Xevo TQ-S质谱仪（Waters）相连的Acerity UPLC I-Class系统（Waters）上进行。使用C18 LC列（Biocrates）在水中用0.2％甲酸的C18 LC列（Biocrates）在乙腈中以0.2％的甲酸作为洗脱液系统来实现相反相的色谱分离。FIA溶剂是甲醇，带有套件制造商提供的修饰符。UPLC – MS/MS结果的数据分析基于七点曲线或单点校准和内标准化。下阈值以下的值设置为零。使用化合物分析剂V.5分析浓度数据。在分析之前对浓度转换，并在图1的图中显示了原始P值和原始P值和Log2转换的倍数变化值。

　　为了量化3-IAA或DCA血清浓度，用PBS和化学发光免疫测定1至10稀释小鼠或人血清（CLIA）（Abbexa，3-IAA ABX190011; DCA 258844）。为了在培养物中检测3-IAA，如上所述处理上清液，直接用于测定。使用Fluostar Omega（BMG LabTech）检测到化学发光，每孔采样1 s，每种测定法分别调整了3,400至4,000的增益。使用提供的标准标准确定浓度，并使用Prism 8.4.0插值。

　　将冷冻的肿瘤组织与冰冷的甲醇1：1-3混合，并使用0.4毫米珠在5,500 rpm的情况下均匀地匀浆，使用均质器（Precylsys 24触摸），以2×30 s的速度进行2×30 s。将提取物在4°C下离心（10,000g），并将上清液用于LC -MS/MS分析。使用双苯基固定相（猛禽（restek），尺寸：50 mm×2.1 mm ID；粒径：2.7 µm），使用A：水 + 0.1％甲酸 +甲酸 + 5 mm乙酸氨基苯二甲酸氨酸B：苯酚 + 0.1％的形式 + 5MM，进行了反向相相色谱。流速设置为每分钟0.5 mL。洗脱始于95​​％的洗脱液A，在0.5分钟内线性降低至75％。在返回初始条件之前，将此组成持续4分钟。注入的体积为2 µL，柱温度设置为55°C。在MRM（多重反应监测）模式下检测到3-IAA和MOI。在阳性电喷雾电离后监测以下过渡：3-IAA：M/z 176.2> 103.0;M/Z 176.2> 130.2;MOI：M/Z 148.1> 120.2;M/Z 148.1> 130.2;M/Z 148.1> 133.1。根据标准曲线进行量化。

　　将肿瘤切成相似大小的碎片。Tumours were rinsed with cold PBS and digested in RPMI (Sigma, 61870044) supplemented with 10% FBS (Gibco, 10500064), 2.5 mg ml−1 collagenase D (Roche, 11088866001) and 0.2 mg ml−1 DNase l (Roche, 11284932001) for 35 min at 37 °C持续摇动。之后，将悬浮液通过40 µm的细胞过滤器过滤，并用冷PBS淬灭。随后，在黑暗中将免疫细胞或肿瘤细胞用FC块染色，并活/死染色（Thermo Fisher Scientific L34957和L10119）30分钟。然后将细胞洗涤，用指示的流式细胞仪抗体染色，并在黑暗中再次孵育30分钟。流式细胞仪是在Fortessa流式细胞仪（BD）上进行的。为了评估免疫细胞的细胞因子谱，用50 ng ml -1 PMA，500 ng ml -1离子霉素和1 µg ml -1 brefeldin A在37°C进行3小时进行了T细胞。表面染色后，使用Ebioscience FOXP3细胞内染色试剂盒（00-5523-00）固定细胞并透化。使用了以下细胞内抗体：IFNγ（1：200稀释）和TNF（1：400稀释）。以下表面抗体用于对淋巴细胞进行分类（CD3（1：300稀释），CD4（1：500稀释），CD8（1：400稀释），CD19（1：100稀释）（1：100稀释），CD44（1：500稀释），PD-1（1：400稀释）（1：400稀释）和NK1.1.1：1：400; 800 BYELITION（1：400 BYELIATIE）稀释），CD11C（1：300稀释），CD45（1：800稀释），LY6G（1：800稀释），LY6C（1：600稀释），Ly6b（1：200稀释）（1：200稀释），CD115（1：300稀释），F4/80（F4/80（1：600稀释）和MHCLL（1：600稀释）和MHCLL（1：600稀释））。将上皮癌细胞用EPCAM（1：200稀释）抗体染色。对于LY6B染色，使用了山羊抗rat IgG抗体（1：400稀释）。使用2,500至5,000珠通过流式细胞仪计数细胞（Spherotec，ACBP 100-10）。根据制造商的方案，使用PI/Annexin v染色评估中性粒细胞的生存能力。如上所述，在组织消化后的体内免疫细胞中确定ROS表达。之后，将ROS DYE Cellrox（Thermo Fisher Scientific，C10422）与流式细胞仪抗体并行染色，稀释为1：1,000。使用FlowJo V.10进行软件分析和直方图生成。

　　KPC细胞是从Ximbio获得的，在目录号为153474下；A. Kimmelman31提供了HY19636_GLRM报告细胞和MST-ATG4B/MST细胞；MC38和LLC-GFP（ATCC）细胞由A. Giannou提供；C.Güngör提供了MIA PACA-2，BXPC-3和T3M-4细胞（所有ATCC）。所有细胞对支原体污染的阴性测试。在标准条件下在37°C和5％CO2的标准条件下维持细胞，并定期检查细胞。在补充青霉素和链霉素（Gibco，15140122）和10％FBS（Gibco，10500064）的DMEM Glutamax（Thermo Fisher Scientific，10566016）中生长细胞。对于体外实验，在96孔板中将癌细胞以每孔5,000-10,000个细胞铺板。除了与中性粒细胞共培养的实验，GPX-KENOCKDOWN细胞的治疗或与MPO共同治疗的实验外，允许细胞播种过夜。随后，开始使用指定的化合物和治疗持续时间进行治疗。3-IAA或3-IPA（3-IPA，Sigma，57400; 3-IAA，Sigma，I3750）在1 M NaOH中溶于PBS中，并在指示时使用1 M HCl或DMSO调整为7.4。将NAC稀释在PBS中，并以1 mm的浓度使用。H2O2（Sigma，H1009）以400 µm的浓度使用。

　　根据制造商的协议，使用MTT或MTS分析（​​ABCAM，AB21191和AB197010）评估肿瘤细胞的活力和增殖。使用Fluostar Omega（BMG LabTech）评估吸光度。在其他实验中，使用Sytox（Thermo Fisher Scientific，S34857），PI（Biolegend，421301）和2,500-500,000-5,000次计数珠（Spherotec，ACBP 100-10）通过流式细胞仪评估生存能力。同时，根据制造商的方案，使用Cellrox（Thermo Fisher Scientific，C10422）测量细胞内ROS，并通过流式细胞仪进行评估。

　　将中性粒细胞或T细胞从骨髓或健康，未处理小鼠的脾脏中分离出来，并分别使用荧光激活的细胞分选（FACS）分类为LY6G+CD11b+和TCRβ+CD4+或CD8+。在96孔板中，将细胞以每孔的浓度为20,000–50,000。使用SYTOX（Thermo Fisher Scientific，S34857）或PI/Annexin V染色（Biolegend，640914），通过流式细胞仪评估中性粒细胞或T细胞的生存力。在某些实验中，添加了200 mu ML -1 MPO或400 ML -1 MPO（Merck，475911）或指示的MOI浓度（Sigma，493397）。通过释放MPO评估中性粒细胞的脱粒。如上所述，使用FACS对总共1×106的中性粒细胞进行排序。将中性粒细胞在HBSS（Gibco，14065-56）中孵育，并加入了正甲基甲基二甲基 - 核基 - 苯基丙氨酸（FMLP； Merck，F3506），作为阳性对照。孵育30分钟后，根据制造商的协议，使用MPO活性测定试剂盒（ABCAM，AB105136）测量MPO活性。与指定的化合物或100 nm phorbol-12-麦尔氏菌13-乙酸酯（PMA; Merck，524400）孵育3小时后，使用Sytox染色确定中性粒细胞的净形成。使用流式细胞仪测量网络作为Sytox阳性细胞。

　　如前所述26，用FACS（CD3，NK1.1，CD19，B220） - ，CD19，B220） - ，CD19，B220） - ，LY6B+，LY6GINT-LOW对fACS（CD3，NK1.1，CD19，B220）进行分选，如前所述26，如96孔板中的每孔20,000-50,000。应用了指示的处理，并在流式细胞仪中使用PI染色评估了活力。

　　FACS分类肿瘤内或骨髓衍生的中性粒细胞（LY6G+CD11b+）或前中性粒细胞（谱系阴性（CD3，NK1.1，CD19，B220） - ，CD115-，CD115-，LY6B+，LY6B+，LY6GINT-LOW）。根据制造商协议（ABCAM，AB219925），使用MPO活性测定试剂盒处理了总共50,000个细胞进行MPO活性测量。使用Fluostar Omega（BMG LabTech）分析荧光。根据制造商协议建议的标准曲线计算MPO活动。

　　每组三只小鼠的肿瘤组织合并，并使用ScioExtract缓冲液（ScioMics）提取蛋白质。在调整后的蛋白质浓度下将样品用科学2（科学）标记2小时。参考样品用科幻1（Sciomics）标记。2小时后，停止反应，并将缓冲液与PBS交换。将所有标记的蛋白质样品储存在-20°C直至使用。使用基于Sciodiscover抗体微阵列（ScioMics）的基于参考的设计以双色方法分析样品。将阵列用Hybstation 4800（Tecan）上的Scioblock（ScioMics）阻塞，然后使用双色方法将样品与参考样品竞争孵化。孵育3小时后，用1×PBSTT彻底洗涤载玻片，用0.1×PBS以及水冲洗，然后用氮气干燥。使用具有恒定仪器激光功率和PMT设置的PowerScanner（Tecan）进行滑动扫描。用Genepix Pro 6.0（分子设备）进行点分割。上载中位信号强度后，使用R-Biocoductor的（LIMMA）软件包分析获得的原始数据。为了进行归一化，应用了一种专门的不变方法。下调蛋白质（M值 < −0.35) or upregulated proteins (>0.35）将3-IAA和火药样品上传到Sting数据库（https://string-db.org/cgi/input.pl）。标准管道用于执行KEGG富集分析。只有错误发现率（FDR）<0.05的途径被认为具有统计学意义。

　　在Trizol试剂（Thermo Fisher Scientific，15596018）中裂解新鲜的冷冻肿瘤组织，并使用氯仿 - 异丙醇法提取RNA。使用聚-T寡-寡核的磁珠从总RNA纯化mRNA。片段化后，使用随机六聚体底漆合成第一链cDNA，然后进行第二链cDNA合成。图书馆在末端维修，A量表，适配器连接，尺寸选择，放大和净化后准备就绪。用Qubit和QPCR检查了该库以进行定量，并检查了生物分析仪以进行尺寸分布检测。在Illumina平台上对量化的库进行了测序，每个样本至少读取了至少6000万个读数。

　　使用FASTP（V0.20.1）处理序列读取，以删除从序列读取的3'端中删除测序适配器的序列和低质量（PHRED质量得分低于15）的序列。之后，使用Star（v.2.7.9a）47将读取与鼠标参考组件（GRCM39.104）对齐。用DESEQ2评估差异表达（参考文献48）。如果相应的绝对log2转换倍数变化（LOG2FC）不少于0.6，并且FDR不超过0.1的值，则认为一个基因被视为显着差异表达。使用FGSEA（v.4.1）49进行了反应组途径自噬（R-HSA-9612973）的基因集富集分析（GSEA）。

　　根据制造商的协议，使用TRIZOL试剂（Invitrogen，15596018）从细胞系中提取总RNA，并根据制造商的规程，总RNA提取试剂盒（Qiagen，74004/74104）。高容量cDNA合成试剂盒（Thermo Fisher Scientific，4368813）用于cDNA合成。引物和探针是从应用生物系统中购买的。鼠标引物和探针为：GPX3（MM00492427_M1），GPX7（MM00481133），AHR（MM00478932_M1）。使用Stepone Plus系统（Applied Biosystems）上的Taqman Master Mix（Thero Fisher Scientific，4369016）进行QPCR。对每种测定法应用了40至44个周期，并且使用了技​​术双重或一式三份。如果在技术重复的三个值中至少有两个是不可检测的，则该表达式被认为是不可检测的。将相对表达归一化为GAPDH（MM99999915_G1）。

　　针对针对鼠标GPX3（TRCN00000076539）的人类U6启动子（Mission plko.1-puro）控制的短发夹RNA（SHRNA）的病毒载体，鼠标GPX7（TRCN0000076563）和鼠标AHR（TRCN0000002118025），以及Shrcet and and and and and and，拼命的）从Sigma-Aldrich获得。慢病毒颗粒的产生已在其他地方进行了详细描述，可以在线获得协议（http://www.lentigo-vectors.de）。为了用HIV-1衍生的慢病毒载体转导KPC细胞，将2.5×104细胞铺在0.5 mL培养基中，每孔的24孔板中，用8μgml-1的聚甲烯将24孔板的多钙板镀在24孔板中。电镀后，添加了10μLVSV-G-pseudotypy，非浓缩的慢病毒颗粒，导致SHRNA和嘌呤霉素耐药基因稳定地整合到细胞的基因组中。为了通过自旋接种增加转导率，将板以1,000g和25°C离心1小时。在转导后四天开始，在培养基中以1μgml -1嘌呤霉素成功转导细胞的选择。

　　将组织固定在PBS中的4％福尔马林中，并使用ASP300S脱水机（Leica）和EG1160组织嵌入系统（Leica）固定在石蜡中。切除石蜡切片（2 µM），用H＆E染色或处理免疫组织化学，如下所示：使用Ventana Bachmark Machina（Ventana Manger）进行内源性过氧化物酶（PBS中的3％氢过氧化物）脱水和失活后（PBS中的3％氢过氧化氢），进行抗体特异性的热介导的抗原回试。将切片阻塞（PBS中为10％FC），然后与抗LC3B抗体一起孵育（1：400稀释，Thermo Fisher Scientific，PA1-46286）；抗硝基酪氨酸抗体（1：100稀释，Thermo Fisher Scientific，A-21285）；抗CC3抗体（1：100稀释，细胞信号传导，9661）;P62/SQSTM1（1：500稀释，Thermo Fisher Scientific，PA5-20839）;和抗KI67抗体（1：100稀释，ABCAM，15580）。为了检测特定的结合，使用了Ultra View通用DAB检测试剂盒（Ventana，Roche），其中含有次级抗体，DAB染色和降血石毒素抗染色试剂。使用Nanozoomer 2.0-HT（Hamamatsu光子学）扫描载玻片，并使用斐济拍摄代表性图像。

　　LC3B，KI67，硝基酪氨酸和CC3的定量以盲目的方式进行。使用ImageJ v.2.1.0/1.53C确定阳性细胞，并根据相应抗体的染色强度调节阈值，并维持使用相同染色分析的所有肿瘤。每个样品中的三到五个场中，每250–500×500-μm场（10×至40×放大倍率）计数阳性细胞的数量。

　　为了可视化HY19636_GLRM PDAC细胞的GFP-LC3-RFP记者信号表达，将组织固定在4°C的2％PFA溶液中过夜，在含有30％蔗糖的PBS中孵育，并嵌入了含有30％蔗糖的PBS，并嵌入了在干冰上（sakura Finetek）中。为了进一步分析，使用了7μm的切片。使用配备有40×1.10 NA浸入物镜的Thunder Imager 3D活细胞和3D细胞培养（Leica Microsystems）进行广场成像。LED功率和曝光时间和其他特定于系统特定的设置首先使用阳性对照组织优化，而在不同组的图像采集之间没有更改以提供最佳的可比性。对于每个组织部分，随机选择了平均五个感兴趣区域并成像以进行定量分析。ImageJ成像软件用于文件导航，调整颜色平衡和图像分析。使用ImageJ V.2.1.0/1.53C确定GFP和RFP定量。每个载体的平均荧光强度在每个肿瘤中至少五个区域确定。

　　图1a，扩展数据图2a，d和小图，图和小图标。使用Biorender.com创建了1-4。

　　除非另有说明，否则所有统计分析均使用GraphPad Prism 9.3.1进行。使用Shapiro-Wilk或Kolmogorov-Smirnov测试对正态性和对数正态进行了测试。如果没有给出正态性，则进行非参数测试。如果没有另有说明，则进行测试双面进行，并显示出显着（p <0.05）的P值。

　　有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然投资组合报告摘要中获得。